食品行业的洁净室，除了控制空气中的微粒外，也对空气环境的微生物控制严格，在技术上防止微生物对食品的交叉污染。其中具有代表性的是无菌包装，食品的无菌包装（如软包装鲜果汁、牛乳等等），就是在洁净环境中完成包装工艺，在保持食品色、香、味、营养等方面大大优于一般的高温杀菌的罐装食品。除了无菌包装，空气洁净技术在食品酿造、发酵中也有很高的应用。
食品工业洁净室（区）的洁净等级参照医药工业洁净室，但比一般的洁净室要求要高，根据原来的现在已停止实行的美国联邦标准FS 209B具体细化可分为100级、1000级、10000级、100000级、3000000级，根据与ISO-14644是标准接轨的中国我国标准GB-50073有1-9级，原来的100级、1000级、10000级和100000级都是分别由被标准ISO-14644标准中的5级、6级、7级和8级所替代，这类洁净室（区）的洁净度等级1-8级，其中1-5级，气流流型为单向流或混合流，风速0.2-0.45m/s；6级气流流型为非单向流，换气次数50-60次/h；7级气流流型为非单向流，换气次数15-25次/h；8-9级气流流型为非单向流，换气次数10-15次/h。